Příběh hry z pera hollywoodské dvojky Bradley Thompson a David Weddle čerpá z alternativního (černočerného) zakončení druhého filmu, postupně se ale utrhne vlastním směrem, konkrétně na palubu vraku plavidla Derelict. Poručík Ellen Ripleyová je po smrti, žádný ze členů posádky lodi Sulaco z kolonie příznačně nazvané Hadleyho naděje (nyní spíše Oáza slizu a kyseliny), neuniknul.

Historie marného odporu mariňáků proti zrůdným lovcům z hlubin vesmíru na Měsíci LV-426 je velkou neznámou. Vzhledem k nedostatečnému přísunu zpráv z první ruky zůstává jedinou možností prošetření nevysvětlitelného zmizení Hickse, Vasquezové, Hudsona a zbytku jednotky. Jediným skutečným důkazem je loď sama o sobě, nyní náhodně nesena vesmírem, hibernační komory otevřené vinou poplachu (požár na palubě) a neschopnost korábu spojit se se Zemí.

Dějištěm nejprve kosmická loď U.S.S. Sulaco (Aliens) a pak nalezený vrak opuštěného plavidla Derelict. Plus nová prostředí navržená speciálně pro účely hry. V singleplayeru se nevyskytuje žádná ústřední postava, každou misi můžete hrát za někoho jiného ze čtyř členů americké jednotky koloniálních mariňáků. Některé mise projdete sami, jiné ve společnosti týmu. Umělá inteligence není skriptovaná, což vyústí v nepředpokládané situace. Pravděpodobně narazíte i na živé zástupce starodávné rasy Space Jockeys.