Příběh hry Far Cry 3 Vás zavede do kůže Jason samotáře, který je v pasti na tajemném ostrově odříznutém od civilizace. Jeho člun se potopil, přítelkyně zmizela a ostrov se hemží moderními piráty, drogovými dealery a překupníky se zbraněmi. Má u sebe fotoaparát, který používá k zachycení šíleností ve svém okolí. Brzy ale přijde na to, že pokud chce přežít, nebude mít jinou možnost, než také sáhnout po zbrani a pro přežití a záchranu své přítelkyně začít zabíjet.