Děj hry Valkyria Chronicles 4 se odehrává ve stejném časovém období jako původní Valkyria Chronicles, ale zaměřuje se na zcela nové hlavní postavy ze Squad E. Velitel Claude Wallace a jeho přátelé z dětství se vydávají na cestu boje za svobodu v této zoufalé válce, ale mezi nimi a vítězstvím stojí nepřetržité ukrutné mrazy, hordy imperiálních vojáků a božské síly Valkyrie.